Formado por documentos salvaguardados pelo MPEG desde 1890, oriundos de suas atividades administrativas, científicas e comunicacionais, e ainda por 15 fundos de origem privada, com documentos doados ou custodiados por pessoas e instituições que se dedicaram aos diversos campos do conhecimento científico na Amazônia, ou que são de interesse institucional. Alguns exemplos de fundos privados: João Martins da Silva Coutinho, Jacques Huber, Emília Snethlage, Rudolf Schuller, Curt Nimuendajú, Eduardo Galvão, Protásio Frikel, Expedito Arnaud, Augusto Meira Filho, Peter Paul Hilbert e Walter Neves, todos com ricos testemunhos da trajetória profissional de pesquisadores que se dedicaram à arqueologia, história, antropologia e linguística, ou cujas vidas estão associadas à história da ciência e da tecnologia na Amazônia. Além deles, o AGLP preserva o Fundo Serviço de Proteção aos Índios, com cópia de toda a documentação relacionada a essa instituição, cujos originais estão preservados na Fundação Nacional do Índio, e uma Coleção Fotográfica, com cerca de 20.000 documentos, entre os quais se destacam 1.420 negativos em vidro produzidos na virada do século XIX para o XX. O AGLP dispõe de sala de consulta com computador ligado em rede e laboratório de conservação.